指导全市水域及其岸线的管理和保护，指导骨干河道、湖泊的开发、治理和保护。指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作，指导退圩还湖工作；会同相关部门指导全市河湖保护规划编制工作。负责全市水土保持工作。负责全市建设项目水土保持方案的监督实施及水土保持设施的验收工作。负责全市河湖采砂（取土）的统一管理和监督检查。
协助编制水资源保护和节约用水规划并监督实施；承担实施最严格水资源管理制度相关工作，指导开展水资源有偿使用工作；依法收取水资源费、水利工程水费等规费；组织水资源承载能力监测预警工作；指导水量分配工作并监督实施；协调河湖生态流量水量管理；负责饮用水水源保护有关工作；负责水源地日常监测；指导全市蓝藻打捞工作；负责地下水开发利用和地下水资源管理和保护，组织指导地下水超采区综合治理；参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作。指导全市节约用水工作，拟订全市节约用水政策，编制并协调实施节约用水计划，监督实施行业用水标准、用水总量、用水效率控制和定额管理制度；指导和推动全市节水型城市、节水型社会建设工作；会同有关部门指导农业节水工作；指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。
承担市全面深化河长制改革工作办公室的日常工作。负责河湖长制工作的组织实施，研究制定相关管理规定，安排年度工作任务；向市级河湖长提出工作建议，落实市级河湖长确定的事项，对河湖长制工作情况进行检查、评价、考核，协调督导河湖长制工作重点事项和问题，协调跨行政区域河道相关河湖长制工作；承担河湖长制培训、宣传、信息工作，建立河湖长制管理信息化系统。指导全市水环境治理和黑臭水体整治。