指导农用地、农业生物物种资源及农产品产地环境保护与管理。指导农村可再生能源开发利用、节能减排、农业清洁生产和生态循环农业建设。承担外来物种管理相关工作。组织指导重金属污染耕地修复和安全利用工作。提出农田建设项目需求建议。承担耕地质量管理相关工作。开展永久基本农田保护。承担农业综合开发项目、农田整治项目、农田水利建设项目管理工作。